1765 yılında Yenikapı Mevlevîhanesi yakınlarında bir evde doğdu. Babası Yenikapı Mevlevîhanesi şeyhlerinden Kütahyalı Ebu Bekir Dede Efendi, annesi Kutb-Î Nâyî Osman Dede'nin kızı Saîde hanımdır. Milas Müftîsi-zade Halil Efendi ve babasından öğrenim gören, Arapça ve Farsça öğrenen Abdülbâkî Dede, ağabeyi Ali Nutkî Dede'nin himayesinde yetişmiş ve onun Yenikapı Mevlevîhanesi şeyhliği sırasında bu dergâhın neyzen-başılığını yapmıştır. Türk mûsikîsinin nazariyatı ve ameliyatı ile uğraşıp, bu konuda geniş bilgi edinmiş ve bilgisini öğrencilerine aktarabilmiş çok değerli bir üstad idi. Hammamizade İsmail Dede Efendi'ye de hocalık etmiştir. 1804 yılı Ağustos ayında Yenikapı dergâhına şeyh olmuş ve 24 şubat 1821 gecesi saat 5'de, 55 yaşında, ölümüne kadar 16.5 yıl şeyhlik postunda oturmuştur. Dergâhın mezarlığında ağabeyinin yanına gömülmüştür.